Encontrei esta dica na internet (porém a reescrevi) e ela ensina como embutir legenda .srt em vídeos através da linha de comando. É muito fácil!
Primeiro de tudo, coloque o arquivo de vídeo e o arquivo de legenda no mesmo diretório/pasta. Ficará mais fácil para encontrar se você criar uma pasta só para a conversão do vídeo já com a legenda embutida.
Depois instale o pacote mencoder, que já se encontra nos repositórios do Ubuntu.
No terminal, navegue para a pasta onde os arquivos se encontram. Você pode abrir a janela do Terminal (Ctrl+Alt+T), digitar cd e arrastar a pasta em que arquivo está localizado, logo em seguida, apertando <enter>.
Depois do terminal acessar a pasta onde estão os arquivos, digite o comando abaixo. Vou utilizar os arquivos do meu print para o comando abaixo, apenas para exemplo. Troque o nome de seus arquivos ao fazer a conversão!
A variante subpos é a posição da legenda no vídeo. 0 é no topo, enquanto 100 é na parte inferior. Utilizei 90 por achar uma boa posição para a legenda.
O resultado final foi este:
A resolução está pequena pois foi convertido
para assistir em um celular Android.
Fonte: Análise de Sistemas