Boas Beto, vais converter para DVD (mpeg) e adicionar as legendas, certo?
 Se for esse o caso, instala (por exemplo) o SMplayer, abre os ficheiros originais (em Bluray) e junata-lhes as legendas.
 Se não existirem problemas, 
com o video a correr (com as legendas!), abre o menu (do SMplayer) 
Opções e depois 
Preferências.
 Do lado esquerdo vais encontrar a opção 
Legendas, clica nela e, do lado direito irás ver uma opção chamada 
Codificação Padrão das Legendas. Vê que codificação está a ser utilizada.
 Se as legendas tiverem a correr bem sem erros, anota essa configuração num papel.
 Se as legendas tiverem a correr com os tais erros que referiste, faz o seguinte: 
. Se tiver a codificação em UTF-8, muda-a para Idiomas da Europa Ocidental com Euro ISO-8859-15, clica em Aplicar e vê se já aparece sem erros.
. Se tiver a codificação em ISO-8859-15 ou outro ISO, muda-a para UTF-8, clica em Aplicar e vê se já aparecem sem erros
 Se quiseres gravar estes filmes num DVD de 4,7 GB, aconselho-te o 
Dvd95 Converter para reduzires o tamanho.
 Ele está nos repositórios oficiais do Ubuntu, para instalá-lo: 
sudo apt-get install dvd95
 
  Depois da redução, ou mesmo que não queiras reduzir e queiras converter para DVD já com as legendas adicionadas, aconselho-te o excelente 
Handbrake. Não está presente nos repositórios oficiais. Como tal, para instalá-lo: 
sudo add-apt-repository ppa:stebbins/handbrake-snapshots
 
   
sudo apt-get install hadbrake
 
  Em seguida abres o programa que é extremamente intuitivo. Adicionas os ficheiros que queres converter e, na aba 
Subtitles irás ver uma opção chamada 
+ Subtitle ou a outra para "srts" 
Import SRT, clicas na que te convier e importas o ficheiro de legendas.
 Automaticamente irá te aparecer outra opção 
Caracter Code. Aí inseres a codificação que funcionou sem erros no SMplayer. UTF-8 ou ISO-8859-15.
 Convertes e terás o teu DVD já com as legendas em Português seleccionáveis e com a codificação correcta.
 Para terminar, se quiseres gravar o resultado num DVD, aconselho-te o que para mim, é o melhor programa de gravação de DVD's de Linux. O K3B que está nos repositórios do Ubuntu e para instalá-lo: 
 Espero ter ajudado.
 Cumps.